广西大瑶山国家级自然保护区管理中心属于参照公务员法管理的公益一类事业单位，由广西壮族自治区林业厅委托来宾市林业局代管，核定编制38名，后勤控制数2名，现有在职在编干部职工22名，聘用护林员73名。保护区管理中心内设办公室、财务科、保护管理科、生产技术科、旅游管理科5个职能科室，长滩河、银杉、天堂山、河口、圣堂山、五指山、平竹7个保护站，下设十六公里、鸡冲、红冲、龙军山、德梅山、白牛、小江、大凳、六巷、岭祖、巴勒、古兰、龙安、六麻、龙道山、罗丹、吉龙17个护林点。保护区管理机构基本完善，各部门职责分明，目标明确，配合协调。

大瑶山保护区管理中心行政级别为副处级。大瑶山保护区管理中心实行管理中心－保护站－护林点三级管理体系。保护区管理中心设在金秀县县城，负责协调保护区各项工作。广西大瑶山国家级自然保护区管理中心与广西大瑶山国家森林公园管理处实行“两块牌子、一套人马”管理模式。