明朝以前，境内山高岭峻，居民绝少。明朝初年，瑶族、壮族始迁徙至今金秀县境内居住，官府开始了对金秀县境内的统治。今县境东北部属平乐府永安州（今蒙山县），南部属浔州府桂平县、平南县，西部属柳州府象州，北部属平乐府修仁县、荔浦市。

清代，今金秀县境域归属沿明时不变，但划界更为明确。清乾隆三年（1732年），修仁县府在桐木圩附近立 “象州修仁交界” 界碑1块。乾隆四十二年（1777年），永安州府在金秀县中心山区忠良乡永和村土县屯东立“永安州至图县（即土县）村西界”碑1块。今金秀镇大部、三角乡、桐木镇（仁里、古院、那马、泰山等村除外）、头排镇、三江乡属平乐府修仁县，长垌乡（原名东北乡）、六巷乡（原名东南乡）大部及大樟乡的大樟、花炉、三古村，桐木镇仁里、古院、那马、泰山等村，属柳州府象州，大樟乡西南部（原名翁祥村）属柳州府武宣县，大樟乡东南部（今瓦厂、双化、玲马、新村各一部，六巷乡东南部）属浔州府桂平县，罗香乡（另含今金秀镇罗孟村、忠良乡六干村）属浔州府平南县，忠良乡大部属平乐府永安州。宣统元年（1909年），官府将金秀县境内中心山区划分为金秀、罗香、滴水、六巷等4个团，总团设在罗香乡罗运村。金秀团辖今金秀镇大部和三角乡全部、忠良乡大部及长垌乡小部，罗香团辖罗香乡全部及金秀镇罗孟村，滴水团辖长垌乡大部，六巷团辖六巷乡和大樟乡大部、团，为军政合一的组织，偏重于军事。清朝政府还分别委任4名瑶族团总，并分授五品军功。

民国时期，各县分管大瑶山的地域不变，但更加强了对今金秀县境内的统治。民国22年（1933年），大樟、长垌、六巷、罗香等地先后成立乡组织。民国31年 （1942）年，国民党政权设立金秀设治局。设治局下辖永宁（今金秀镇）、崇义（今三角乡及三江乡一部分）、东北（今长垌乡）、东南（今六巷乡）、木山（今大樟乡大部及桂平市木山村）、罗香、罗运、平竹（以上三地今属罗香乡）、古朴（今金秀镇共和村、忠良乡双合村一部和六干村）、岭祖（今忠良乡三合村岭祖一带）、三合（今忠良乡三合、双合一部、永和、高源及车田、中山、林秀等瑶族村寨）、贵山(今金秀镇和三江乡与荔浦市三河乡交界一带)、翁祥（今大樟乡新村及花炉村大部）等13个乡，各乡接受金秀设治局及周围各县双重管辖。

1949年12月1日，大瑶山解放。

1952年5月28日，大瑶山瑶族自治区（金秀瑶族自治县前身）成立，属平乐专区管辖。1955年8月26日，大瑶山瑶族自治区改称大瑶山瑶族金秀县，属平乐专区管辖；1958年7月改属柳州专区管辖。1966年4月8日，县名又改称金秀瑶族自治县。

1984年7月17日，国务院批准，原属象州县的桐木公社、鹿寨县的头排区划入金秀县。同年10月，撤销公社体制，桐木公社改为桐木镇，头排区不变，其他公社改为乡，各乡镇成立人民政府。1987年4月金秀乡和金秀镇合并，称金秀镇；头排区改为头排乡。1987年8月增设七建乡和三江乡。1994年4月，头排乡改为头排镇。

2002年11月柳州地区撤销后，金秀县划入新成立的来宾市。